โรงเรียนวัดสุทธิสะอาด เดิมได้จัดตั้งขึ้นเป็นโรงเรียนประชาบาลตามพระราชบัญญัติประถมศึกษา เป็นโรงเรียนประจำตำบลคลองสามวาฝั่งตะวันออก โดยมีพระอธิการแดงเป็นผู้อุปการะ  และใช้สถานที่ของวัดเป็นที่จัดการเรียนการสอน โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อสั่งสอนให้นักเรียนอ่านออก  เขียนได้  รู้จักพระคุณของครู บิดามารดา  ชาติ ศาสนาและพระมหากษัตริย์ มีนักเรียนจำนวนทั้งสิ้น  ๖๒  คน  ต่อมา นางเอม นางกลับ และนายไปล่  คงสามสี  เป็นหัวหน้าร่วมกันเรี่ยไรเงินบริจาค จากชาวบ้านเพื่อสร้างอาคารเรียนในบริเวณวัดและก่อสร้างแล้วเสร็จ  เมื่อเดือนมกราคม  ๒๔๖๘   เปิดการเรียนการสอน ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ - ๔ 

ปี พ.ศ. ๒๕๐๖ โรงเรียนวัดสุทธิสะอาด  ได้ขยายการศึกษาภาคบังคับจนถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๗  ตามพระราชบัญญัติการประถมศึกษา  ๒๕๐๖  โดยในปีแรก มีนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ ๕  จำนวน  ๔๒  คน แต่อาคารเรียนคับแคบมากจึงต้องอาศัยศาลาวัดเป็นที่จัดการเรียนการสอนชั่วคราว  ต่อมาพระยาอนุสาสน์พนิชยการ กับ คุณหญิงชอุ่ม  สุรบดินทร์  ผู้เป็นพี่สาว ได้ร่วมกันบริจาคที่ดินจำนวน ๖ ไร่  ให้เป็นสมบัติของโรงเรียน ทางราชการจึงให้งบประมาณเป็นเงิน ๕๐,๐๐๐.-บาท  สร้างอาคารเรียนแบบ ป.๑  เรือนไม้ใต้ถุนสูง  หลังคามุงสังกะสี ขนาด  ๓  ห้องเรียน  สร้างแล้วเสร็จในปี พ.ศ. ๒๕๐๗

พ.ศ. ๒๕๐๘ ได้ย้ายนักเรียนประถมศึกษามาเรียน ณ อาคารดังกล่าว โดยตั้งอยู่ติดถนนนิมิตใหม่ จนถึงปัจจุบัน